为什么一个学校有不同代码？
先贴一个教育部官网的回答 简单说一下，就是高校在申报硕士点和博士点的时候，报给教育部的代码与自己的注册代码不是一回事，自己注册的代码一般是5位数，而申报用的代码一般由6-9位组成。之所以不同是因为，在申请硕士、博士学位授予权的时候，除了考察学校的整体实力和学科水平外，还会看这个学校在某专业有没有博士点（或某几个专业），如果有的话就会把该专业的代码填上去（因为每个一级学科下的所有二级学科的总和才是一个完整的代码）；如果没有的话就会显示无，当然就不会有这个专业的代码了。所以会出现同一所学校代码不同的情况。这种情况一般在重名的学校比较可能出现，比如中国矿业大学和辽宁科技大学，它们都叫“中国矿业大学”，但前者注册的是3401，后者注册的是2116。
为了便于查询和识别，我以我所在的院校为例（非名校，所以不需要担心校誉问题）做了个表格说明一下情况： 从表中可以看出来，我们学校在注册时的代码为5058，但是申请到博士点的专业的代码为712。这是因为我校第一个获批的博士点是生物学的生态学专业，然后第二个是哲学的博士后流动站，然后再是其他的专业。
另外，可能大家会有疑问，怎么同一个学校同一专业还会有不同的代码，其实这是因为同一所学校同一专业的研究方向可以有所不同或者说是可以根据需要开设新方向，此时就需要申报，而新方向的代码是由教育部根据情况临时分配的，所以会出现相同学校相同专业但有不同代码的现象。这种现象在理工科中比较少见，主要是文科出现得多。
以上是我根据一些规定和自己的理解做的简要解释，不当之处欢迎指正！